Identification de variants structuraux et non-codants par approche multiomique chez des patients atteints de troubles du neurodéveloppement

Identification de variants structuraux et non-codants par approche multiomique chez des patients atteints de troubles du neurodéveloppement

Le diagnostic moléculaire des troubles neurodéveloppementaux (TND) repose encore principalement sur le séquençage d exome, avec un rendement diagnostique plafonnant à 31 % pour les TND isolés et 53 % pour les TND syndromiques. Le séquençage de génome (SG) a montré de meilleures performances mais sa...

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Détails bibliographiques
Auteurs principaux : Riquin Kevin (Auteur), Bézieau Stéphane (Directeur de thèse), Cogné Benjamin (Directeur de thèse), Cantagrel Vincent (Président du jury de soutenance, Rapporteur de la thèse), Schluth-Bolard Caroline (Rapporteur de la thèse, Membre du jury), Saugier-Veber Pascale (Membre du jury)
Collectivités auteurs : Nantes Université 2022-.... (Organisme de soutenance), École doctorale Biologie-Santé Nantes-Angers 2008-2021 (Ecole doctorale associée à la thèse), L'Unité de Recherche de l'Institut du Thorax Nantes (Laboratoire associé à la thèse)
Format : Thèse ou mémoire
Langue : français
Titre complet : Identification de variants structuraux et non-codants par approche multiomique chez des patients atteints de troubles du neurodéveloppement / Kevin Riquin; sous la direction de Stéphane Bézieau et de Benjamin Cogné
Publié : 2023
Accès en ligne : Accès Nantes Université
Note sur l'URL : Accès au texte intégral
Note de thèse : Thèse de doctorat : Biologie, médecine et santé : Nantes Université : 2023
Sujets :
Neurosciences cognitives
Génome
RNA-seq
ARN non codants
Troubles du neurodéveloppement
Thèses et écrits académiques
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230 |a Données textuelles 
304 |a Titre provenant de l'écran-titre 
314 |a Ecole(s) Doctorale(s) : École doctorale Biologie-Santé Nantes-Angers (2008-2021) 
314 |a Partenaire(s) de recherche : L'Unité de Recherche de l'Institut du Thorax (Nantes) (Laboratoire) 
314 |a Autre(s) contribution(s) : Vincent Cantagrel (Président du jury) ; Caroline Schluth-Bolard, Pascale Saugier-Veber (Membre(s) du jury) ; Vincent Cantagrel, Caroline Schluth-Bolard (Rapporteur(s)) 
328 0 |b Thèse de doctorat  |c Biologie, médecine et santé  |e Nantes Université  |d 2023 
330 |a Le diagnostic moléculaire des troubles neurodéveloppementaux (TND) repose encore principalement sur le séquençage d exome, avec un rendement diagnostique plafonnant à 31 % pour les TND isolés et 53 % pour les TND syndromiques. Le séquençage de génome (SG) a montré de meilleures performances mais sa mise en œuvre systématique en diagnostic pose de nouveaux défis, notamment en ce qui concerne la détection et l'interprétation des variants structuraux (SV) ou des variants localisés dans des régions non codantes.Nous avons montré que l'application de techniques omiques complémentaires, telles que le RNA-Seq clinique et la cartographie optique du génome, contribuent à améliorer le rendement diagnostique du séquençage du génome pour des cas complexes ou difficiles à interpréter. Notre étude confirme que, sur la base du SG seul, certains SV n auraient pas été retenus comme pathogènes/candidats et qu il aurait été difficile de poser les hypothèses mécanistiques pour les événements complexes. Par ailleurs, nous avons identifié et rapporté une délétion du long ARN non codant régulateur CHASERR que nous associons à un nouveau TND syndromique.Le RNA-Seq clinique et les techniques de séquençage long fragments sont des sujets de recherche en pleine expansion. Leur application en diagnostic de routine n est pas encore standardisée et nécessitera encore une longue mise au point. Avec nos résultats nous apportons un éclairage nouveau sur cette introduction progressive, en association avec le SG. 
330 |a Molecular diagnosis of neurodevelopmental disorders (NDD) relies mainly on exome sequencing, with a diagnostic yield of 31% for isolated NDD and 53% for syndromic NDD. Genome sequencing (GS) has shown better performance; however, its systematic implementation in diagnostics poses new challenges, particularly in the detection and interpretation of structural variants (SV) or variants located in non-coding regions. We have shown that the application of complementary omics techniques, such as clinical RNA-Seq and optical genome mapping, helps improve the diagnostic yield of genome sequencing for complex or difficult-to-interpret cases.Our study confirms that, based on GS alone, some SVs would not have been retained as pathogens/candidates and that it would have been difficult to pose mechanistic hypotheses for complex events. Furthermore, we have identified and reported a deletion of the long non-coding RNA regulator CHASERR, which we associate with a new syndromic NDD. Currently, clinical RNA-Seq and long-fragment sequencing techniques are the subject of intense research. Their application in routine diagnostics has not yet been standardized and will take a long time to improve. Our results shed new light on this gradual introduction in association with GS. 
337 |a Configuration requise : un logiciel capable de lire un fichier au format : PDF 
541 | |a Identification of structural and non-coding variants in patients with neurodevelopmental disorders using a multi-omics approach  |z eng 
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