Characterization of BKPyV-specific monoclonal antibodies in kidney transplant recipients after BKPyV reactivation

Le polyomavirus BK (BKPyV) est ubiquitaire et persiste asymptomatiquement dans le rein. La réactivation virale peut être observée chez les greffés du rein qui reçoivent des traitements d'immunosuppression. La réplication active peut causer une morbidité significative. Puisqu'aucune thérapi...

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Détails bibliographiques
Auteurs principaux : Nguyen Ngoc khanh (Auteur), Mcilroy Dorian (Directeur de thèse), Saulquin Xavier (Directeur de thèse), Fafi-Kremer Samira (Président du jury de soutenance, Rapporteur de la thèse), Cogné Michel (Rapporteur de la thèse), Brouard Sophie (Membre du jury), François Catherine (Membre du jury)
Collectivités auteurs : Université de Nantes 1962-2021 (Organisme de soutenance), École doctorale Biologie-Santé Nantes (Ecole doctorale associée à la thèse), Centre de Recherche en Cancérologie et Immunologie Intégrée Nantes Angers (Laboratoire associé à la thèse), Centre de Recherche en Transplantation et Immunologie (Laboratoire associé à la thèse)
Format : Thèse ou mémoire
Langue : anglais
Titre complet : Characterization of BKPyV-specific monoclonal antibodies in kidney transplant recipients after BKPyV reactivation / Ngoc Khanh Nguyen; sous la direction de Dorian Mcilroy et de Xavier Saulquin
Publié : 2021
Accès en ligne : Accès Nantes Université
Note sur l'URL : Accès au texte intégral
Note de thèse : Thèse de doctorat : Immunovirologie : Nantes : 2021
Conditions d'accès : Thèse confidentielle jusqu'au 31 mars 2022.
Sujets :
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230 |a Données textuelles 
304 |a Titre provenant de l'écran-titre 
314 |a Ecole(s) Doctorale(s) : École doctorale Biologie-Santé (Rennes) 
314 |a Partenaire(s) de recherche : Centre de Recherche en Cancérologie et Immunologie Intégrée Nantes Angers (Laboratoire), Centre de Recherche en Transplantation et Immunologie (Laboratoire) 
314 |a Autre(s) contribution(s) : Samira Fafi-Kremer (Président du jury) ; Sophie Brouard, Catherine François (Membre(s) du jury) ; Samira Fafi-Kremer, Michel Cogné (Rapporteur(s)) 
328 0 |b Thèse de doctorat  |c Immunovirologie  |e Nantes  |d 2021 
330 |a Le polyomavirus BK (BKPyV) est ubiquitaire et persiste asymptomatiquement dans le rein. La réactivation virale peut être observée chez les greffés du rein qui reçoivent des traitements d'immunosuppression. La réplication active peut causer une morbidité significative. Puisqu'aucune thérapie antivirale à action directe n'est disponible, les anticorps neutralisants représentent des thérapies possibles. L'objectif principal de ma thèse a été de générer des monoclonaux neutralisants à potentiel thérapeutique ainsi que de caractériser le répertoire des récepteurs de cellules B spécifiques de BKPyV (BCR) chez les receveurs de rein avec une réactivation virale. Pour cela, nous avons utilisé des particules virales de BKPyV couplées aux fluorochromes pour isoler une population de cellules B spécifiques de BKPyV. Nous avons obtenu 2158 séquences d'anticorps spécifiques, via single-cell RNA seq. Après analyse bioinformatique, nos résultats montrent que le répertoire BCR est très diversifié en termes de clonotypes et d'utilisation du gène V. La réponse anticorps spécifique au BKPyV est dominée par l'IgM, puis l'IgG. Bien que les cellules B mémoires de types IgG et IgM soient hypermutées somatiquement et expriment des répertoires BCR distincts, le profil d'expression génique de ces deux sous-populations est très similaire. En outre, le regroupement basé sur la séquence nous a permis d'identifier un groupe d'anticorps neutralisants 41F17-like. Après expression in vitro et caractérisation de plus de 20 candidats, nous avons trouvé l'anticorps 120 représentant un anticorps puissant à des fins thérapeutiques en raison de son activité antivirale neutralisante plus forte que le 41F17. 
330 |a The BK polyomavirus (BKPyV) is ubiquitous and persists asymptomatically in the kidney. BKPyV reactivation can be seen in kidney transplant (KTx) recipients who receive immunosuppression treatments. The active replication can cause significant morbidity. Since no directly acting antiviral therapies are available, neutralizing antibodies represent possible therapeutics. The main objective of my PhD was, therefore, to generate neutralizing monoclonals with therapeutic potential. We also wanted to characterize the BKPyV-specific Bcell receptor (BCR) repertoire in KTx recipients with BKPyV reactivation. For that, we used fluorescence-labeled BKPyV virus-like particles (VLPs) to isolate a population of BKPyV-specific B cells. Using single-cell RNA seq technique, we obtained 2158 BKPyV-specific antibody sequences which were subsequently submitted to bioinformatic analysis. Our results show that the BCR repertoire was highly diverse in terms of both V-gene usage and clonotype diversity. The BKPyV-specific antibody response was dominated by IgM, then IgG. Although memory IgG and memory IgM B-cells were somatically hypermutated and expressed distinct BCR repertoires, the gene expression profile of these two B-cell subsets was highly similar. Furthermore, sequence-based clustering allowed us to identify a group of 41F17-like broadly neutralizing antibodies. After in vitro expression and characterization of more than 20 candidates, we found the antibody 120 representing a potent antibody for therapeutic purposes due to its stronger neutralizing antiviral activity compared to 41F17. 
337 |a Configuration requise : un logiciel capable de lire un fichier au format : PDF 
371 0 |a Thèse confidentielle jusqu'au 31 mars 2022 
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