NantilusDéveloppement de stratégies avancées pour l'identification de relations épistatiques dans les études d'associations génotype-phénotype
Au cours de la dernière décennie, les technologies génomiques à haut débit ont visél'élucidation des prédispositions génétiques de certaines maladies complexes, tellesque le diabète ou l'arthrite rhumatoïde, le cancer, les maladies cardiaques comme leprolapsus valvulaire mitral et la fibri...
Enregistré dans:
| Auteurs principaux : | , , , , , , |
|---|---|
| Collectivités auteurs : | , , , |
| Format : | Thèse ou mémoire |
| Langue : | français |
| Titre complet : | Développement de stratégies avancées pour l'identification de relations épistatiques dans les études d'associations génotype-phénotype / Clément Niel; sous la direction de Christine Sinoquet et de Christian Dina et de Ghislain Rocheleau |
| Publié : |
2017 |
| Note de thèse : | Thèse de doctorat : Informatique : Nantes : 2017 |
| Sujets : |
| Résumé : | Au cours de la dernière décennie, les technologies génomiques à haut débit ont visél'élucidation des prédispositions génétiques de certaines maladies complexes, tellesque le diabète ou l'arthrite rhumatoïde, le cancer, les maladies cardiaques comme leprolapsus valvulaire mitral et la fibrillation auriculaire, ainsi que pour des centainesd autres phénotypes. Pour remplir cet objectif, des études d'association du génomeentier ou GWAS (Genome Wide Association Studies) sont conduites. Le principe d'uneGWAS standard est le suivant : les chercheurs utilisent des marqueurs génétiquescouvrant la totalité du génome, et qui correspondent à autant de fenêtresd'observation des variations de l'ADN au sein d'une population. Chaque marqueurgénétique correspond à une localisation précise sur le génome pour laquelle estobservée, pour chaque individu, une variation. Une des classes de marqueur génétiqueles plus populaires, les polymorphismes nucléotidiques simples (ou SNP), ne présenteque deux variations (aussi appelées allèles) en chaque localisation pour tous lesindividus d'une population étudiée. Dans le cadre d'une GWAS, les variations de l'ADNsont observées pour une population de quelques milliers à plusieurs dizaines demilliers d'individus, où chaque individu est décrit par quelques centaines de milliers àplus de deux millions de SNP. Les technologies plus récentes de type séquençage denouvelle génération permettent même de lire toutes les variations du génome d unindividu. Pour chaque SNP, un test de dépendance ou test d'association avec lamaladie étudiée est réalisé. L'objectif est d'identifier les SNP qui présentent unedifférence de fréquences alléliques statistiquement significative entre la cohorte dessujets malades et celle des sujets non malades. Un tel résultat indique la proximitéphysique sur le génome d une variation augmentant la susceptibilité d être atteint dela maladie. Absent |
|---|---|
| Notes : | Titre provenant de l'écran-titre Ecole(s) Doctorale(s) : École doctorale Sciences et technologies de l'information et mathématiques (Nantes) Partenaire(s) de recherche : Université Bretagne Loire (COMUE), Laboratoire des sciences du numérique de Nantes (Laboratoire) Autre(s) contribution(s) : Hesham Ali (Président du jury) ; Jérémie Bourdon, Jean-Daniel Zucker (Membre(s) du jury) |