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Développement méthodologique pour l'étude des phénomènes d'interaction protéine-glucide
Un ensemble de méthodes permettant d'étudier in silico des interactions protéine-glucide, primordiales dans de nombreux processus biologiques, sont proposées dans cette étude. En s'appuyant sur des informations fournies par la bio-cristallographie, il est devenu possible d'étudier à g...
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| Auteurs principaux : | , , , , , , |
|---|---|
| Collectivités auteurs : | , , |
| Format : | Thèse ou mémoire |
| Langue : | français |
| Titre complet : | Développement méthodologique pour l'étude des phénomènes d'interaction protéine-glucide / Johann Hendrickx; sous la direction de Yves-Henri Sanejouand et de Huu Vinh Tran |
| Publié : |
2019 |
| Accès en ligne : |
Accès Nantes Université
|
| Note sur l'URL : | Accès au texte intégral |
| Note de thèse : | Thèse de doctorat : Bio-informatique structurale : Nantes : 2019 |
| Sujets : |
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| 200 | 1 | |a Développement méthodologique pour l'étude des phénomènes d'interaction protéine-glucide |f Johann Hendrickx |g sous la direction de Yves-Henri Sanejouand et de Huu Vinh Tran | |
| 214 | 1 | |d 2019 | |
| 230 | |a Données textuelles | ||
| 304 | |a Titre provenant de l'écran-titre | ||
| 314 | |a Ecole(s) Doctorale(s) : École doctorale Biologie-Santé (Rennes) | ||
| 314 | |a Partenaire(s) de recherche : Unité de Fonctionnalité et Ingénierie des Protéines (Nantes) (Laboratoire) | ||
| 314 | |a Autre(s) contribution(s) : Gwénaëlle André-Leroux (Président du jury) ; Mirjam Czjzek (Membre(s) du jury) ; Pedro Maldonado Coutinho, Manuel Dauchez (Rapporteur(s)) | ||
| 328 | 0 | |b Thèse de doctorat |c Bio-informatique structurale |e Nantes |d 2019 | |
| 330 | |a Un ensemble de méthodes permettant d'étudier in silico des interactions protéine-glucide, primordiales dans de nombreux processus biologiques, sont proposées dans cette étude. En s'appuyant sur des informations fournies par la bio-cristallographie, il est devenu possible d'étudier à grande échelle les modalités d'interaction existantes entre ces deux entités moléculaires. Une étude statistique complète fut donc réalisée afin de déterminer aussi bien les tendances générales que les cas extrêmes observés dans les complexes protéine glucide. Les caractéristiques des interactions protéine glucide sont ainsi décrites, en particulier les liaisons hydrogène (LH) et le rôle des molécules d'eau. Un programme d'identification des LH et de reconstitution de leur(s) réseau(x) hypothétique(s) a été développé. Il comprend entre autres l'ajout putatif des hydrogènes, dans le cas où ils sont absents de la structure, notamment sur les groupes hydroxyles et les molécules d'eau. Une stratégie originale pour positionner de manière putative des molécules d'eau sur les sites de reconnaissance protéiques est également décrite. Cette stratégie a pour prétention de permettre le développement d'un protocole d'amarragemoléculaire protéine-glucide, les glucides et les molécules d'eau partageant sensiblement le même réseau de LH. Suite aux nombreuses anomalies décelées dans la PDB au niveau des glucides, une méthode d'identification et de vérification des structures 3D des glucides est également décrite. Elle a permis de limiter les bruits statistiques de cette étude. Environ 280 monosaccharides sous forme furanique et pyranique ont ainsi été référencés. La flexibilité intrinsèque des glucides a également amené à une étude approfondie de la conformation des glucides observée dans les structurescristallographiques. | ||
| 330 | |a A set of methods to study in silico protein carbohydrate interactions, which are essential in many biological processes, are proposed in this study. Based on crystallographic data, it has become possible to study on a large scale the existing interaction modalities between the two molecular entities. A complete statistical study has thus been carried out to determine both the general trends and extreme cases observed in protein-carbohydrate complexes. The characteristics of protein-carbohydrate interactions are thus reported, in particular hydrogen bonds (HB) and the role of water molecules. A program to identify the HBs and reconstitute their hypothetical network(s) is being developed. This includes, in particular, the putative addition of hydrogens, if they are absent from the structure, especially on hydroxyl groups and water molecules. An original strategy for putatively positioning water molecules at protein recognition sites is also described. This strategy aims to allow the development of a protein-carbohydrate molecular docking protocol, as carbohydrates and water molecules share essentially the same HB network. As a result of the many carbohydrate anomalies detected in PDB, a method for identifying and verifying 3D carbohydrate structures has also been developed. It allowed to reduce the statistical noise in this study. About 280 monosaccharides in furanic and pyranic form were thus referenced. The intrinsic flexibility of carbohydrates also led to an in-depth study of the carbohydrate conformations observed in crystallographic structures. | ||
| 337 | |a Configuration requise : un logiciel capable de lire un fichier au format : PDF | ||
| 541 | | | |a Methodologic developments for studies of protein-carbohydrate interaction phenomena |z eng | |
| 606 | |3 PPN031381251 |a Liaisons hydrogène |2 rameau | ||
| 606 | |3 PPN187923388 |a Simulation de docking moléculaire |2 rameau | ||
| 608 | |3 PPN027253139 |a Thèses et écrits académiques |2 rameau | ||
| 610 | 0 | |a Bio-cristallographie | |
| 610 | 0 | |a Bio-informatique structurale | |
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| 686 | |a 610 |2 TEF | ||
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| 701 | 1 | |3 PPN145158225 |a Czjzek |b Mirjam |f 1961-.... |4 555 | |
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| 801 | 3 | |a FR |b Abes |c 20230302 |g AFNOR | |
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