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Integrating phosphoproteomic time series data into prior knowledge networks
Les voies de signalisation canoniques traditionnelles aident à comprendre l'ensemble des processus de signalisation à l'intérieur de la cellule. Les données phosphoprotéomiques à grande échelle donnent un aperçu des altérations entre différentes protéines dans différents contextes expérime...
Enregistré dans:
| Auteurs principaux : | , , , , , |
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| Collectivités auteurs : | , , |
| Format : | Thèse ou mémoire |
| Langue : | anglais |
| Titre complet : | Integrating phosphoproteomic time series data into prior knowledge networks / Misbah Razzaq; sous la direction de Jérémie Bourdon et de Carito Guziolowski |
| Publié : |
2018 |
| Accès en ligne : |
Accès Nantes Université
|
| Note sur l'URL : | Accès au texte intégral |
| Note de thèse : | Thèse de doctorat : Informatique : Ecole centrale de Nantes : 2018 |
| Sujets : |
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| 214 | 1 | |d 2018 | |
| 230 | |a Données textuelles | ||
| 304 | |a Titre provenant de l'écran-titre | ||
| 314 | |a Ecole(s) Doctorale(s) : École doctorale Mathématiques et sciences et technologies de l'information et de la communication (Rennes) | ||
| 314 | |a Partenaire(s) de recherche : Laboratoire des Sciences du Numérique de Nantes (Laboratoire) | ||
| 314 | |a Autre(s) contribution(s) : Frédéric Saubion (Président du jury) ; Jérémie Bourdon, Carito Guziolowski, Frédéric Saubion, Céline Rouveirol, Thomas Sauter, Sara-Jane Dunn, Sabine Pérès (Membre(s) du jury) ; Céline Rouveirol, Thomas Sauter (Rapporteur(s)) | ||
| 328 | 0 | |b Thèse de doctorat |c Informatique |e Ecole centrale de Nantes |d 2018 | |
| 330 | |a Les voies de signalisation canoniques traditionnelles aident à comprendre l'ensemble des processus de signalisation à l'intérieur de la cellule. Les données phosphoprotéomiques à grande échelle donnent un aperçu des altérations entre différentes protéines dans différents contextes expérimentaux. Notre objectif est de combiner les réseaux de signalisation traditionnels avec des données de séries temporelles phosphoprotéomiques complexes afin de démêler les réseaux de signalisation spécifiques aux cellules. Côté application, nous appliquons et améliorons une méthode de séries temporelles caspo conçue pour intégrer des données phosphoprotéomiques de séries temporelles dans des réseaux de signalisation de protéines. Nous utilisons une étude de cas réel à grande échelle tirée du défi HPN-DREAM BreastCancer. Nous déduisons une famille de modèles booléens à partir de données de séries temporelles de perturbations multiples de quatre lignées cellulaires de cancer du sein, compte tenu d'un réseau de signalisation protéique antérieur. Les résultats obtenus sont comparables aux équipes les plus performantes du challenge HPN-DREAM. Nous avons découvert que les modèles similaires sont regroupés dans l'espace de solutions. Du côté informatique, nous avons amélioré la méthode pour découvrir diverses solutions et améliorer le temps de calcul. | ||
| 330 | |a Traditional canonical signaling pathways help to understand overall signaling processes inside the cell. Large scale phosphoproteomic data provide insight into alterations among different proteins under different experimental settings. Our goal is to combine the traditional signaling networks with complex phosphoproteomic time-series data in order to unravel cell specific signaling networks. On the application side, we apply and improve a caspo time series method conceived to integrate time series phosphoproteomic data into protein signaling networks. We use a large-scale real case study from the HPN-DREAM BreastCancer challenge. We infer a family of Boolean models from multiple perturbation time series data of four breast cancer cell lines given a prior protein signaling network. The obtained results are comparable to the top performing teams of the HPN-DREAM challenge. We also discovered that the similar models are clustered to getherin the solutions space. On the computational side, we improved the method to discover diverse solutions and improve the computational time. | ||
| 337 | |a Configuration requise : un logiciel capable de lire un fichier au format : PDF | ||
| 541 | | | |a Intégration de données de séries temporelles phosphoprotéomiques dans des réseaux de connaissances antérieurs |z fre | |
| 606 | |3 PPN028949102 |a Programmation logique |2 rameau | ||
| 606 | |3 PPN203675789 |a Vérification de modèles (informatique) |2 rameau | ||
| 606 | |3 PPN027651673 |a Lignées cellulaires |2 rameau | ||
| 608 | |3 PPN027253139 |a Thèses et écrits académiques |2 rameau | ||
| 610 | 0 | |a Réseaux de signalisation | |
| 610 | 0 | |a Vérification de modèles | |
| 686 | |a 004 |2 TEF | ||
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| 801 | 3 | |a FR |b Abes |c 20230411 |g AFNOR | |
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