NantilusDéveloppement d'une méthode de typage moléculaire de Pneumocystis jirovecii par MLST : un outil pour l'investigation d'épidémies en milieu hospitalier
Pneumocystis jirovecii, champignon opportuniste et cosmopolite, est l'agent étiologique de la pneumocystose (PcP), pneumopathie sévère affectant les sujets immunodéprirnés. Les travaux récents confirmant l'hypothèse d'un mode de transmission par voie aérienne de Pneumocystis jirovecii...
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| Format : | Thèse ou mémoire |
| Langue : | français |
| Titre complet : | Développement d'une méthode de typage moléculaire de Pneumocystis jirovecii par MLST : un outil pour l'investigation d'épidémies en milieu hospitalier / Céline Maitte; sous la direction de Florent Morio |
| Publié : |
[S.l.] :
[s.n.]
, 2012 |
| Description matérielle : | 1 vol. (142 f.) |
| Note de thèse : | Mémoire du D.E.S. : Biologie médicale : Nantes : 2012 Thèse d'exercice : Pharmacie : Nantes : 2012 |
| Sujets : |
| Résumé : | Pneumocystis jirovecii, champignon opportuniste et cosmopolite, est l'agent étiologique de la pneumocystose (PcP), pneumopathie sévère affectant les sujets immunodéprirnés. Les travaux récents confirmant l'hypothèse d'un mode de transmission par voie aérienne de Pneumocystis jirovecii, ainsi que le nombre croissant de cas groupés de PcP rapportés dans la littérature, soulignent l'importance de la PcP en milieu hospitalier et le risque de transmission inter-humaine. A l'heure actuelle, l'investigation des cas groupés repose à la fois sur l'analyse des contacts entre les patients et la mise en évidence de l'identité génotypique des isolats de P. jirovecii réalisée à partir des prélèvements respiratoires. La méthode de Multi-Locus Sequence Typing (MLST) est considérée comme la méthode de choix pour le génotypage de P. jirovecii. Cependant, aucun consensus n'a été établi à ce jour, concernant le choix des loci à explorer et le nombre à associer pour obtenir un résultat fiable. L'objectif principal de cette étude a été de développer une méthode de typage moléculaire de P. jirovecii par MLST, facilement applicable en cas de suspicion d'épidémie de PcP. Ainsi, 8 loci du génome de P. jirovecii (mt26S, 26S rDNA, ITSl, fJ-TUB, SOD, CYB, DHPS et DHFR) ont été analysés vis-à-vis de 37 prélèvements respiratoires positifs pour la recherche de P. jirovecii et collectés entre 2006 et 2011 (33 patients indépendants). Le pouvoir discriminant a été déterminé pour chaque locus, ainsi que pour la méthode multi-locus selon l'index numérique de Hunter (H). L'objectif secondaire a été d'évaluer la pression de sélection des molécules anti-Pneumocystis à travers l'étude du polymorphisme des loci DHFR et DHPS. Au total, la méthode MLST mise en place et reposant sur l'analyse de 8 loci est apparue extrêmement résolutive (H= 0.996). Toutefois, nous proposons un schéma simplifié, basé sur l'analyse de 3 loci (ITSl, mt26S et CYB ou SOD, mt26S et CYB) plus simple d'utilisation et révélant des performances équivalentes (H= 0.996 et H=0.980 respectivement). L'analyse des loci DHPS et DHFR suggère par ailleurs, une faible pression de sélection des sulfamides à l'échelle locale. |
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| Bibliographie : | Bibliogr. f. 124-139 [265 réf.] |