NantilusRecherche et étude d'activités enzymatiques pour la dépolymérisation de l'exopolysaccharide produit par Vibrio diabolicus
L objectif de cette thèse est de rechercher des activités enzymatiques pour la dépolymérisation du HE800, exopolysaccharide original produit par la bactérie Vibrio diabolicus. Cette macromolécule présente des activités thérapeutiques intéressantes qui sont potentialisées par la réduction de sa masse...
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| Format : | Thèse ou mémoire |
| Langue : | français |
| Titre complet : | Recherche et étude d'activités enzymatiques pour la dépolymérisation de l'exopolysaccharide produit par Vibrio diabolicus / Coraline Rigouin; sous la direction de Michel Dion, co-directeur de thèse Christine Delbarre |
| Publié : |
[S.l.] :
[s.n.]
, 2011 |
| Description matérielle : | 1 vol. (pagination multiple) |
| Note de thèse : | Thèse de doctorat : Biochimie, Microbiologie-Biologie moléculaire : Nantes : 2011 |
| Disponibilité : | Publication autorisée par le jury |
| Sujets : |
| Résumé : | L objectif de cette thèse est de rechercher des activités enzymatiques pour la dépolymérisation du HE800, exopolysaccharide original produit par la bactérie Vibrio diabolicus. Cette macromolécule présente des activités thérapeutiques intéressantes qui sont potentialisées par la réduction de sa masse moléculaire. Dans un premier temps, nous avons testé et comparé plusieurs méthodes de criblage pour la détection de la dépolymérisation de polysaccharides. Ceci nous a permis d évaluer l adaptation des cribles aux deux stratégies développées par la suite. La première a consisté à faire évoluer une hyaluronate lyase dans le but de lui faire accepter le HE800 comme substrat. Les résultats de la modélisation du substrat HE800 dans la cavité de cette enzyme nous ont conduits à opter pour une méthode de mutagenèse aléatoire. 9000 variants ont été produits en analysés, à l aide d une station robotisée, mais aucun d eux n a présenté d activité. La seconde stratégie que nous avons développée a consisté à cribler des microorganismes pour identifier une souche bactérienne naturellement apte à dépolymériser le HE800. Nous avons montré que la souche Enterococcus faecalis est le seul microorganisme, parmi ceux testés, capable de dégrader cet EPS. La dépolymérisation a été confirmée par différentes méthodes et en partie caractérisée. Nous avons examiné le génome de la bactérie et identifié un gène codant pour une endo-glycosidase qui pourrait être l enzyme responsable de la dégradation observée. The aim of this PhD thesis is the search of enzymatic activities for the depolymerization of the polysaccharide produced by the strain Vibrio diabolicus. This molecule displays some interesting therapeutic activities which are improved by molecular weight decrease. In first, we assessed biochemical methods to detect depolymerization of polysaccharides. This allowed us to choose the more appropriate screening method for the two strategies we undertook during the thesis. The first one deals with directed evolution of a hyaluronate lyase, in order to create a new substrate specificity. Results from molecular modelling of the HE800 as substrate in the active site of the enzyme led us to use random mutagenesis process. We screened 9000 clones in a highthroughput way for their capacity to depolymerize the HE800. Unfortunately none of them developed this activity. In the second strategy, we screened various microorganisms, exploring their capacity to depolymerize the EPS. We showed that Enterococcus faecalis is the only one strain, among those tested capable of depolymerising the HE800. Using several methods we confirmed and partly characterized the depolymerization. We examined the genome of E. faecalis and identified a gene coding for an endo-glycosidase which could be the enzyme responsible for the depolymerization. |
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| Variantes de titre : | Search for enzymatic activities to depolymerize the exopolysaccharide produced by Vibrio diabolicus |
| Bibliographie : | Bibliogr. p. 163-176. |