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De l'acquisition des données de puces à ADN vers leur interprétation : importance du traitement des données primaires
Les outils bio-informatiques sont devenus indispensables aux traitements et à l'analyse des données de puces à ADN. De l'extraction des données primaires par les logiciels d'analyse d'images à la recherche des réseaux moléculaires en passant par la normalisation et la validation...
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| Format : | Thèse ou mémoire |
| Langue : | français |
| Titre complet : | De l'acquisition des données de puces à ADN vers leur interprétation : importance du traitement des données primaires / Nolwenn Le Meur; sous la direction de Jean Léger |
| Publié : |
[S.l.] :
[s.n.]
, 2005 |
| Description matérielle : | 1 vol. (155-55 f.) |
| Note de thèse : | Thèse doctorat : Médecine. Bioinformatique : Université de Nantes : 2005 |
| Disponibilité : | Publication autorisée par le jury |
| Sujets : |
| Résumé : | Les outils bio-informatiques sont devenus indispensables aux traitements et à l'analyse des données de puces à ADN. De l'extraction des données primaires par les logiciels d'analyse d'images à la recherche des réseaux moléculaires en passant par la normalisation et la validation des données, les méthodes mathématiques et statistiques sont incontournables. Ce travail s'intéresse aux méthodes d'analyse d'images des puces à ADN, à la métrologie et à la transformation des données primaires en données "consolidées ". Au cours de cette étude, un service Web nommé MADSCAN (MicroArray Data Suite of Computed Analysis) a été développé pour traiter les données primaires d'expression. Cet outil permet de filtrer, normaliser et valider statistiquement les données primaires. Les enjeux suivants sont l'analyse (mise en évidence des gènes d'intérêts, méthodes de classifications) et l'intégration des données d'expression avec les méta-données (ontologies, littérature...) pour une meilleure compréhension des mécanismes de fonctionnement des gènes. Bioinformatic tools have become essential for microarray processing. From raw data extraction by image analysis software to the research of molecular networks via data normalization and validation, mathematical and statistical methods are crucial. This work deals with the performance of microarray image analysis software, with metrology and the transformation of raw microarray data to consolidated gene expression data matrices. A Web service, MADSCAN (MicroArray Data Suite of Computed Analysis) has been developed to process raw expression data. This tool filters, normalizes, and statistically validates raw data. The next challenges are the analysis (molecular marker identification, classification approaches) and the integration of expression data with metadata (ontology, literature...) for a better understanding of gene mechanisms. |
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| Variantes de titre : | From microarray data acquisition to their interpretation: the importance of raw data processing |
| Bibliographie : | Bibliogr. 139-153 f. [246 réf.] |